在实际使用中，SCR低温脱硝剂也会出现一些问题。首先，如果催化剂长期处于450摄氏度以上的环境中，就会发生烧结。此时TiO2的晶型也会发生变化，表现为颗粒变大，比表面积变小，催化剂的活性逐渐降低。其次
在实际使用中，SCR低温脱硝剂也会出现一些问题。首先，如果催化剂长期处于450摄氏度以上的环境中，就会发生烧结。此时TiO2的晶型也会发生变化，表现为颗粒变大，比表面积变小，催化剂的活性逐渐降低。
其次，当催化剂与碱金属离子直接接触时，其活性会缓慢下降。第三，烟气中的气态As2O3扩散到催化剂的孔隙中并在孔隙中凝结，或与催化剂的活性位发生反应，使催化剂的活性衰减。通常这种现象在干式排渣锅炉中并不严重。
由于液渣锅炉电除尘器后有一个飞灰回收过程，因此在液渣锅炉中发生的较多。第四，钙也会对催化剂产生影响。粉煤灰中的游离CaO与SO3反应生成CaSO4，会吸附在催化剂表面，极不利于脱硝技术中的反应物扩散到催化剂表面再进入内部。